Afrique

Nature (2023)Citer cet article

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Le VIH-1 reste une crise sanitaire mondiale1, soulignant la nécessité d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Ici, compte tenu de la charge disproportionnée du VIH-1 et de la diversité marquée du génome humain en Afrique2, nous avons évalué les déterminants génétiques du contrôle de la charge virale de référence chez 3 879 personnes d'ascendance africaine vivant avec le VIH-1 participant à la collaboration internationale pour la génomique de VIH3. Nous identifions un signal d'association non décrit précédemment sur le chromosome 1, où la variante maximale s'associe à environ 0,3 log10 copies transformées par ml de charge virale inférieure au point de consigne par copie d'allèle mineur et est spécifique aux populations d'ascendance africaine. La principale variante associée est intergénique et se situe entre un long ARN intergénique non codant (LINC00624) et le gène codant CHD1L, qui code pour une hélicase impliquée dans la réparation de l'ADN4. Les tests d'infection dans les macrophages dérivés de cellules iPS et d'autres lignées cellulaires immortalisées ont montré une réplication accrue du VIH-1 dans les cellules knock-down et CHD1L-knock-out. Nous fournissons des preuves issues d'études génétiques de population selon lesquelles une variation génétique spécifique à l'Afrique proche de CHD1L est associée à la réplication du VIH in vivo. Bien que des études expérimentales suggèrent que CHD1L est capable de limiter l'infection par le VIH dans certains types de cellules in vitro, des recherches plus approfondies sont nécessaires pour comprendre les mécanismes qui sous-tendent nos observations, y compris les effets indirects potentiels de CHD1L sur la propagation du VIH in vivo que nos tests cellulaires ne peuvent pas faire. récapituler.

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L'accès aux données de génotypage au niveau individuel est réservé aux chercheurs des institutions qui rejoignent la Collaboration internationale pour la génomique du VIH (ICGH) en signant l'accord de collaboration ICGH, disponible sur demande ([email protected]). En raison de la nature très sensible du diagnostic du VIH de tous les participants à l'étude, le risque associé à une réidentification potentielle a été jugé très élevé par les IRB, empêchant un partage plus large de données au niveau individuel. Les statistiques récapitulatives GWAS sont déposées dans le catalogue NHGRI-EBI des études d'association à l'échelle du génome humain (https://www.ebi.ac.uk/gwas/home) sous le numéro d'accès GCST90269914. Les données de séquençage d'ARN sont disponibles sur NCBI (PRJEB18581) et les résultats eQTL sont disponibles sur GitHub (https://github.com/smontgomlab/AFGR).

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